Caratterizzato da una morfologia glaciale, il territorio del parco si estende dalla quota di 900 m s.l.m. circa del fondovalle, fino ai 4554 m s.l.m. della punta Gnifetti, una delle più alte vette del Monte Rosa. L’intero ecosistema del parco è influenzato, infatti, proprio dai ghiacciai, che hanno costituito per secoli l'elemento predominante della Valsesia, formano tutt'oggi uno straordinario e spettacolare fondale nel territorio di Alagna.